Existem outras teorias sobre a origem dos nativos americanos:
- Vários antropólogos,historiadores e arqueólogos têm sugerido que os nativos americanos são descendentes, quer de europeus, quer africanos que atravessaram o Oceano Atlântico. Alguns apontam a semelhança física entre os Olmecas e os africanos. Thor Heyerdahl demonstrou que é possível navegar da África para a América numa réplica dum barco de papiro do antigo Egito.
- A maioria das religiões dos nativos americanos ensinam que os humanos foram criados na América no princípio dos tempos e sempre ali viveram.
- A doutrina Mórmon diz os ameríndios são descendentes de Lehi e dos nefitas, personagens do Livro de Mórmon que teriam sido Israelitas que chegaram à Américas cerca de 590 AC.
- No século XIX e princípios do século XX, houve proponentes da existência continentes perdidos, entre os quais Atlântida,e Lemúria, de onde poderiam ter vindo os primeiros habitantes humanos das Américas.
O mais provável, no entanto, é que as Américas tenham sido colonizadas por vagas de povos de diferentes origens, ao longo dos tempos, dando origem ao complexo mosaico de povos e línguas que hoje existem. E é possível, igualmente, que esses povos – tal como aconteceu em tempos históricos, bem documentados – tenham substituído ou tenham se juntado com populações originais que lá já existiam.
Os primeiros colonizadores das Américas (ameríndios) não eram muito evoluídos, pois há indícios que seus instrumentos de caça eram pedras e cachorros domesticados para este fim. Os caçadores e coletores, tiveram um rápido avanço em direção ao sul, e tinham instrumentos de caça mais evoluídos, como por exemplo projéteis pontiagudos.Apesar de os vikings, ou nórdicos, terem explorado e estabelecido bases nas costas da América do Norte a partir do século X e terem aí deixado marcas, como a runa de Kensington, estes exploradores aparentemente não colonizaram a América, limitando-se a tentar controlar o comércio de peles de animais e outras mercadorias da região.
Por outro lado, a colonização europeia das Américas mudou radicalmente as vidas e culturas dos nativos americanos. Entre os séculos XVe XIX, estes povos viram as suas populações devastadas pelas privações da perda das suas terras e animais, por doenças e, em muitos casos por guerra. O primeiro grupo de nativos americanos encontrado por Cristóvão Colombo, estimado em 250 mil aruaques do Haiti, foram violentamente escravizados e apenas 500 tinham sobrevivido no ano 1550; o grupo foi extinto antes de 1650.
No século XV, os espanhóis e outros europeus trouxeram cavalos para as Américas e alguns destes animais escaparam e começaram a reproduzir-se livremente. Ironicamente, o cavalo tinha originalmente evoluído nas Américas, mas extinguiu-se na última idade do gelo. A reintrodução do cavalo teve um profundo impacto nos nativos americanos das Grandes Planícies da América do Norte, permitindo-lhes expandir os seus territórios, trocar produtos com tribos vizinhas e caçar com mais eficiência.
É difícil estimar a percentagem de nativos americanos mortos por estas doenças, mas alguns historiadores estimam que cerca de 80% da população de algumas tribos foi extinta pelas doenças europeias.
